影片《水母眼》是村上隆根据自己孩提时的一个梦境为原型创作的影片，村上导演希望观众可以通过观看这部影片回忆起自己的小时候的梦。　　故事围绕一名叫正志的小学生展开，小学生正志搬家的时候在一个盒子里发现了神秘的生物，他非常喜欢这个神秘生物并给它取名叫“水母宝宝”。正志搬家后转入了新的学校，一天，他带着“水母宝宝”一起去上学，没想到同班的同学们也带了大人们都看不见的神秘生物“朋友”来到了学校……。　　...

肩负着重要使命，大财团市之宫集团总裁的公子——某名门大学毕业生、现任集团代理社长的市之宫行（林遣都饰）驱车前往荒川区，准备动员居住在河床的底层民众搬离，为高档住宅区的建设铺平道路。可是他出师不利，刚刚进入荒川境内就被打扮怪异的女子和围着铁皮的小孩子打劫，还惨遭对方扒掉裤子。市之宫家的家训是“不求人，不欠人”，为此他独自爬桥去取裤子，最终跌落河中。恍惚间，他被自称来自金星的少女小珊（桐谷美玲饰）救了...